Тысячу лет назад Землю уничтожила раса Гауна – гигантские практически неуязвимые пришельцы. "Сидония" – один из межзвездных кораблей-городов, на которых выжившие люди странствуют по космосу и ищут новый дом. Одновременно жителям "Сидонии" приходится отбиваться от нападений Гауна – для этого созданы специальные роботы, Стражи.



Нагатэ Таникадзэ вырос на заброшенных нижних уровнях "Сидонии". Случайно оказавшись наверху, он был обнаружен военными, которые заметили в юноше талант к управлению боевыми механизмами и назначили его пилотировать "Цугумори" – Стража старой модели. Теперь Нагатэ и его собратьям-пилотам предстоит выжить в почти безнадежной войне против Гауна.